Seema Malaka ban đầu được xây dựng vào cuối thế kỷ thứ 19. Công trình ban đầu từ từ chìm vào trong nước trong năm 1970. Năm 1979, kiến ​​trúc sư Sri Lanka Geoffrey Bawa đã được đưa vào thiết kế lại và xây dựng chùa như hiện nay[3]. Công tác tái xây dựng được tài trợ bởi một doanh nhân Sri Lanka Hồi giáo, SH Moosajee, và vợ của ông, tưởng nhớ con trai của họ Ameer S. Moosajee[4].